Penubuhan Jabatan Pendaftar Universiti Sains Islam Malaysia secara rasminya bermula pada 3 Januari 2000 apabila Tuan Haji Addenan Haji Abd. Rahman memulakan tugasnya sebagai Pendaftar KUIM yang pertama. Bagi membina asas untuk membangunkan sebuah jabatan yang sangat signifikan sebagai nadi pentadbiran Universiti, beliau pada ketika itu hanya dibantu oleh tiga orang Penolong Pendaftar yang masing-masing menguruskan hal ehwal perjawatan, akademik dan pentadbiran am di samping dua orang Pembantu Tadbir yang menjalankan tugas-tugas perkeranian. Di bawah kepemimpinan beliau, Jabatan Pendaftar berkembang maju sehinggalah kepada pertukaran nama daripada KUIM kepada USIM pada 1 Februari 2007.
Jabatan Pendaftar diperkukuhkan lagi dengan kepemimpinan Encik Muhammad Haizuan Rozali, Pendaftar USIM ke-2 secara pemangkuan mulai 6 Jun 2009 dan seterusnya secara hakiki berkuatkuasa pada 1 November 2009. Kini, dengan kekuatan warga kerja sekitar 150 orang dan selaras proses penjenamaan semula serta jajaran baharu, Jabatan Pendaftar memperkemaskan fungsinya melalui empat (4) bahagian utama terdiri daripada Bahagian Modal Insan, Bahagian Governan dan Pentadbiran Am, Bahagian Undang-Undang dan Bahagian Keselamatan.
