Pejabat Pendaftar, Kolej Universiti Sains Islam Malaysia (KUIM) secara rasminya telah ditubuhkan pada 03 Januari 2000 bersamaan dengan 26 Ramadhan 1420H. Pendaftar Pertama KUIM ketika itu adalah Tuan Haji Adeenan Haji Abd. Rahman, beliau berpengalaman dalam mengurus tadbir Jabatan Pendaftar di Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM) sebelum ini dan telah memulakan tugas beliau di KUIM bagi mewujudkan satu paradigma dan pemangkin untuk membangunkan sebuah jabatan yang signifikan dan menjadi nadi utama pentadbiran Kolej Universiti Islam Malaysia ketika itu.

Beliau pada ketika itu hanya dibantu oleh tiga (3) orang Penolong Pendaftar yang masing-masing bijak dalam menguruskan Bahagian Hal Ehwal Perjawatan, Bahagian Akademik dan Bahagian Pentadbiran Am di samping mempunyai dua orang Pembantu Tadbir yang menjalankan tugas-tugas perkeranian bagi melancarkan lagi sistem pentadbiran KUIM.

Di bawah kepimpinan beliau, akhirnya Pejabat Pendaftar, Kolej Universiti Islam Malaysia (KUIM) berkembang maju dan mampu bersaing dengan Universiti tempatan pada ketika itu sehinggalah kepada pertukaran nama Kolej Universiti Islam Malaysia (KUIM) kepada Universiti Sains Islam Malaysia (USIM) pada tanggal 01 Februari 2007 bersamaan dengan 13 Muharram 1428H.

Jabatan Pendaftar, Universiti Sains Islam Malaysia (USIM) diperkukuhkan lagi dengan seorang pemimpin yang berkaliber iaitu YBhg. Muhammad Haizuan Rozali, Pendaftar USIM yang kedua selepas Tuan Haji Addenan Haji Abd. Rahman bersara pada 15 Jun 2010, secara pemangkuan mulai 06 Jun 2009 dan seterusnya secara hakiki yang berkuat kuasa pada 01 November 2009.

Kini dengan kekuatan warga kerja di Jabatan Pendaftar, Universiti Sains Islam Malaysia (USIM) sekitar 51 orang menguatkan lagi sistem pentadbiran di USIM. Selaras dengan proses penjenamaan semula Bahagian Modal Insan kepada Bahagian Sumber Manusia serta jajaran baharu, Jabatan Pendaftar memperkemaskan fungsinya melalui empat (4) bahagian utama yang terdiri daripada :-